آگارز پلی ساکاریدی است که اغلب از نوعی جلبک قرمز دریایی استخراج می شود.هود شیمیایی آگارز در جداسازی ماکرومولکول ها و سوپر مولکول ها مورد استفاده قرار می گیرد. آگارز همانند پودر سفیدرنگی است که اگر به آن آب جوش اضافه شود پس از گذشت زمان و سرد شدن ، حالت ژله ای به خود می گیرد. از ژل الکتروفورز آگارز برای تفکیک نوکلئیک اسیدها استفاده می کنند. تهیه ژل آگارز سریع تر و آسان تر از ژل پلی اکریل آمید است و هزینه کمتری برای این منظور صرف می شود.
مراحل تهیه ژل آگارز
جهت آماده سازی ژل آگارز (agarose gel) طبق مراحل زیر پیش می رویم:
- آماده سازی قالب ژل.
- قرار گیری شانه ای با دنده های مناسب بر روی قالب.
- حجم ژل مورد نظر تعیین شود(اندازه گیری طول و عرض قالب و قطر ژل مورد نظر)
- پودر آگارز وزن شود.
- آگارز در بافر حل شود و سپس حرارت داده شود تا به خوبی بجوشد و قبل از خنک شدن به ازای هر ۱۰ میلی لیتر ژل یک میکرولیتر از محلول اتیدیوم بروماید به آن اضافه شود و در آخر در داخل قالب ریخته شود.
- بعد از بسته شدن، ژل را از قالب خارج کرده و داخل تانک الکتروفورز قرار داده شود.
این امکان وجود دارد که ژل الکتروفورز آگارز را با حل کردن پودر آگارز در بافر TAE یا TBE آماده کرد. ابتدا باید پودر آگارز در بافر مورد نظر حل شود و تا دمای جوش گرم شود، اما نباید بجوشد، پس از آن مدتی صبر کنید تا آگارز ذوب شده سرد شود.
قبل از ریخته شدن آگارز ذوب شده شانه در تری قرار داده شود تا به خوبی چاهک های مخصوص قرار گیری نمونه تشکیل بشوند. غلظت ژل 1 درصد معمولا برای یک عمل الکتروفورز روتین تهیه می شود.
هنگامی که ژل آماده شد، شانه را از آن بیرون بیاورید و پس از قرار دادن آن در محفظه تانک و ریختن بافر تازه نمونه ها را داخلش بارگذاری کنید. بهتر است نمونه ها را با بافر Loading مخلوط کنید تا به راحتی در چاهک ها قرار بگیرند. بافر Loading دارای رنگ هایی مثل، بروموفنول بلو و زایلن سیانول است که این رنگ ها برای نشان دادن میزان پیشرفت نمونه ها بر روی ژل مورد استفاده قرار می گیرند. حال فرصت آن است که نمونه هایDNA با استفاده از سمپلر بارگذاری شوند.
هرچه ولتاژ بالاتر باشد جداسازی نمونه ها سریع تر انجام می شود، اما ولتاژ بسیار بالا نیز سبب ذوب شدن ژل و بافر می شود و دلیلی می شود بر این که جداسازی نمونه ها با کیفیت خوبی صورت نگیرد. ولتاژ پایین هم موجب پهن شدن باندها برای قطعات کوچک DNA می شود.
به منظور مشاهده راحت مولکول DNA در نور، همراه آن ها رنگ هایی نیز بارگذاری می شود مثلا زایلن سیانول که آبی کم رنگ است برای مولکول های بزرگ DNA مناسب است و بروموفنل بلو که به رنگ آبی تیره است برای مولکول های کوچک تر DNA مناسب است.
بعد از تمام شدن آزمایش، ژلی را که تهیه کرده اید در یک نایلون قرار داده و در یخچال بگذارید.
شروع مسیر درآمد اینترنتی با دوره رایگان سئو
اولین مطالب آزمایشی من